中国-东盟自贸区今年1月1日生效后，菲律宾强调要以严格的检疫措施来保护本国农业不受外来病虫害的威胁。阿罗约总统召开了专门会议，对检疫工作做出了明确指示。菲律宾农业部将与海关协同做好动植物产品的检疫工作。2009年菲律宾农业部要求所有农产品进口许可审批部门使用统一的申请、证明、监督表格，确保进口审批按制度进行。